O CEDEP é uma organização idealizada por um grupo de ativistas, entre eles o Padre Vilson Groh, em 16 de dezembro de 1987, com o propósito de atender quatro eixos na região do Monte Cristo: Educação, Evangelização, Cooperativa de Consumo e Assessoria à Associação de Moradores.

No final da década de 1980 e início da década de 1990, Florianópolis recebia levas de famílias migrantes, expulsas do campo pela política desenvolvimentista e de incremento da agroindústria. As famílias que chegavam passavam a ser acolhidas provisoriamente na cidade em paróquias, casas de parentes ou pessoas solidárias. Eram orientadas pelo Centro de Apoio e Promoção do Migrante (CAPROM – entidade atualmente desativada) a discutir, planejar e realizar ocupações organizadas em terras públicas ou privadas da cidade – aquele período, foram chamadas de ocupações organizadas exatamente porque tinham um planejamento coletivo e porque a terra a ser ocupada era urbanisticamente concebida com lotes, ruas, espaços públicos e comunitários. Esse período registra a história de luta da população em prol de direitos como luz, água, saneamento básico, posse legal da terra e serviços públicos. Um momento particular, em que as mãos do povo estiveram entrelaçadas às organizações não governamentais e às histórias de vida de pessoas que sonham juntas com um mundo mais justo, mais digno e mais humano. 

Deste intenso momento de mobilização e organização popular nasce a ideia do Projeto Oficinas do Saber. As mães e pais percebiam as dificuldades que seus filhos e suas filhas encontravam para se adaptar às escolas públicas. Os cuidadores também se preocupavam com os momentos em que seus filhos permaneciam desassistidos, já que deviam percorrer a cidade em busca de trabalho para reorganizar suas vidas, reconstruir suas casas e alimentar esperanças em uma vida nova. A partir de debates com as comissões de moradores das comunidades então formadas – Novo Horizonte, Nova Esperança, Santa Terezinha, Ilha Continente e Chico Mendes – foi colocada em evidência a necessidade de ocupar pedagogicamente o tempo e as interações das crianças no período oposto ao das atividades escolares, originando-se assim o Projeto Oficinas do Saber.

Em 1991, iniciam-se as atividades em espaços precários e provisórios, com pouco mobiliário e muita esperança e motivação. As experiências didático-pedagógicas com as crianças viabilizaram descobrir um mundo de possibilidades dentro dos pressupostos filosóficos de Paulo Freire, sob os quais têm sustentação às práticas político-pedagógicas do CEDEP até hoje. Seu percurso como projeto de educação acompanha a melhora das habitações das comunidades de ocupação e passa a alojar-se enquanto projeto nas várias Casas e/ou Espaços Comunitários construídos e conquistados com a organização das comunidades em Associações de Moradores. Nos primeiros 14 anos, o projeto atua em diferentes sedes situadas na parte continental de Florianópolis, e mantém como característica comum o fato de terem sido comunidades de ocupação organizada. No entanto, a precariedade dessas instalações e a dificuldade de administrar um número tão pulverizado de estabelecimentos, gerou o desejo de construir uma única sede para o projeto. Ela seria de maior porte e com melhores condições de atendimento às filhas e filhos da população. A concessão de um terreno no bairro Monte Cristo, de propriedade do governo estadual, bem como a construção de um prédio de 1.100m², foi produto de um árduo trabalho que envolveu voluntários, empresários, técnicos, comunidade local e pessoas físicas em atividades diversas de planejamento, administração e captação de recursos.

Em 6 de agosto de 2005 foi então inaugurada a sede atual do CEDEP. Construída em prol de um atendimento mais qualificado às crianças e adolescentes, às famílias e aos membros das comunidades onde está inserida, a nova sede permite que sejam realizadas parcerias com a rede local e voluntários, estabelecendo perspectivas de formação e capacitação para jovens e adultos das comunidades de baixa renda. Quando o projeto Oficinas do Saber passa a atuar em sede própria e aumenta a sua capacidade de atendimento para 300 crianças e adolescentes, carrega a possibilidade de manter um percurso educativo com continuidade e qualificação pedagógica. Além disso, possibilita o desenvolvimento de múltiplas linguagens (tecnologia, arte, cultura e esporte) e de constituir-se como complementação educacional, atendendo crianças e adolescentes no período oposto à atividade escolar e garantindo o acesso à Educação Integral. Com a criação do Instituto Vilson Groh em 2011, o CEDEP tornou-se membro de uma rede de instituições que dedicam-se a causas socioassistenciais, especialmente voltadas ao atendimento de crianças e adolescentes em situação de vulnerabilidade. A partir disso, a potência da articulação política institucional em espaços de controle social ganha força e torna-se um trabalho que acontece em rede.