O CEDEP é uma organização idealizada por um grupo de ativistas, entre eles o Padre Vilson Groh, em 16 de dezembro de 1987, com o propósito de atender quatro eixos na região do Monte Cristo: Educação, Evangelização, Cooperativa de Consumo e Assessoria à Associação de Moradores.

No final da década de 1980 e início da década de 1990, Florianópolis recebia levas de famílias migrantes, expulsas do campo pela política desenvolvimentista e de incremento da agroindústria. As famílias que chegavam passavam a ser acolhidas provisoriamente na cidade em paróquias, casas de parentes ou pessoas solidárias. Eram orientadas pelo Centro de Apoio e Promoção do Migrante (CAPROM – entidade atualmente desativada) a discutir, planejar e realizar ocupações organizadas em terras públicas ou privadas da cidade – aquele período, foram chamadas de ocupações organizadas exatamente porque tinham um planejamento coletivo e porque a terra a ser ocupada era urbanisticamente concebida com lotes, ruas, espaços públicos e comunitários. Esse período registra a história de luta da população em prol de direitos como luz, água, saneamento básico, posse legal da terra e serviços públicos. Um momento particular, em que as mãos do povo estiveram entrelaçadas às organizações não governamentais e às histórias de vida de pessoas que sonham juntas com um mundo mais justo, mais digno e mais humano. 

Deste intenso momento de mobilização e organização popular nasce a ideia do Projeto Oficinas do Saber. As mães e pais percebiam as dificuldades que seus filhos e suas filhas encontravam para se adaptar às escolas públicas. Os cuidadores também se preocupavam com os momentos em que seus filhos permaneciam desassistidos, já que deviam percorrer a cidade em busca de trabalho para reorganizar suas vidas, reconstruir suas casas e alimentar esperanças em uma vida nova. A partir de debates com as comissões de moradores das comunidades então formadas – Novo Horizonte, Nova Esperança, Santa Terezinha, Ilha Continente e Chico Mendes – foi colocada em evidência a necessidade de ocupar pedagogicamente o tempo e as interações das crianças no período oposto ao das atividades escolares, originando-se assim o Projeto Oficinas do Saber.

Em 1991, iniciam-se as atividades em espaços precários e provisórios, com pouco mobiliário e muita esperança e motivação. As experiências didático-pedagógicas com as crianças viabilizaram descobrir um mundo de possibilidades dentro dos pressupostos filosóficos de Paulo Freire, sob os quais têm sustentação às práticas político-pedagógicas do CEDEP até hoje. Seu percurso como projeto de educação acompanha a melhora das habitações das comunidades de ocupação e passa a alojar-se enquanto projeto nas várias Casas e/ou Espaços Comunitários construídos e conquistados com a organização das comunidades em Associações de Moradores. Nos primeiros 14 anos, o projeto atua em diferentes sedes situadas na parte continental de Florianópolis, e mantém como característica comum o fato de terem sido comunidades de ocupação organizada. No entanto, a precariedade dessas instalações e a dificuldade de administrar um número tão pulverizado de estabelecimentos, gerou o desejo de construir uma única sede para o projeto. Ela seria de maior porte e com melhores condições de atendimento às filhas e filhos da população. A concessão de um terreno no bairro Monte Cristo, de propriedade do governo estadual, bem como a construção de um prédio de 1.100m², foi produto de um árduo trabalho que envolveu voluntários, empresários, técnicos, comunidade local e pessoas físicas em atividades diversas de planejamento, administração e captação de recursos.

Em 6 de agosto de 2005 foi então inaugurada a sede atual do CEDEP. Construída em prol de um atendimento mais qualificado às crianças e adolescentes, às famílias e aos membros das comunidades onde está inserida, a nova sede permite que sejam realizadas parcerias com a rede local e voluntários, estabelecendo perspectivas de formação e capacitação para jovens e adultos das comunidades de baixa renda. Quando o projeto Oficinas do Saber passa a atuar em sede própria e aumenta a sua capacidade de atendimento para 300 crianças e adolescentes, carrega a possibilidade de manter um percurso educativo com continuidade e qualificação pedagógica. Além disso, possibilita o desenvolvimento de múltiplas linguagens (tecnologia, arte, cultura e esporte) e de constituir-se como complementação educacional, atendendo crianças e adolescentes no período oposto à atividade escolar e garantindo o acesso à Educação Integral. Com a criação do Instituto Vilson Groh em 2011, o CEDEP tornou-se membro de uma rede de instituições que dedicam-se a causas socioassistenciais, especialmente voltadas ao atendimento de crianças e adolescentes em situação de vulnerabilidade. A partir disso, a potência da articulação política institucional em espaços de controle social ganha força e torna-se um trabalho que acontece em rede.

Em 2013, novas demandas do território do Monte Cristo motivaram a necessidade de ampliar o atendimento do CEDEP aos adolescentes e jovens em situação de extrema vulnerabilidade, contemplando os adolescentes em situação de evasão escolar. Em outubro daquele ano, inicia-se o Projeto Fênix com intervenção dentro das comunidades a partir de um processo inverso, já que são os educadores do território que vão ao encontro dos adolescentes, buscando atender aqueles que estão em situação de risco e,  posteriormente, dar suporte às suas famílias. Dois anos mais tarde, o CEDEP lança um novo desafio para sanar demandas territoriais, institucionalizando o Projeto Avançar que tem
como objetivo encaminhar os adolescentes para o mercado de trabalho e contribuir na elaboração de seus projetos de vida. Neste mesmo ano, consolida-se o Projeto Mulheres Empreendedoras, que tem como proposta a produção de artesanato visando a comercialização como fonte de geração de renda para mulheres do território.
A construção de um Ginásio de Esportes no espaço da instituição, em 2017, deu início ao Projeto Movimentar, que visa garantir o acesso à quadra de esportes aos fins de semana e período noturno para as pessoas da comunidade. Articulando voluntários, parceiros e recursos para construção de uma agenda de aulas e atividades que acontecem
na quadra, a iniciativa visa promover o acesso ao Esporte como prática  voltada à transformação social.

Em 2019, o CEDEP ampliou sua infraestrutura e construiu novas salas, banheiros, um elevador dedicado ao atendimento para pessoas com mobilidade reduzida e um teatro para até 100 pessoas.  A ampliação estrutural trouxe também a necessidade de um olhar para comunidade do Monte Cristo numa perspectiva de desenvolvimento territorial, dando origem em 2020 a dois programas da instituição: Semeando Conhecimento e Cultivando a Comunidade.